来源：百小蓁发布时间：2025-09-17浏览量：1次
配体或小分子药物的靶蛋白结合区域是指药物分子与蛋白质表面发生特异性相互作用的局部区域，通常包括蛋白质的活性位点、变构位点或功能相关的结构域。这些区域在结合过程中可能发生构象调整，进而影响蛋白质的功能。对该区域的精确分析对于验证靶点有效性、理解小分子（药物）作用机制等非常重要，可指导药物优化和加速药物的研发效率。
图1. Hsp90N的QAEIAQL（残基39至45）肽段与IGQFGVGF（残基147至154）在小分子药物Geldanamycin结合后氘代速率明显下降。提示这两条肽段为Geldanamycin的结合Hsp90N区域[1]。
氢氘交换质谱（HDX-MS)通过检测蛋白在小分子结合前后氢氘交换速率的变化来解析蛋白质构象变化的细微差异，确定小分子与蛋白质相互作用的关键区域，为药物研发、生物化学研究以及结构生物学等领域提供关键信息。相比传统的X-射线衍射或冷冻电镜的结构研究方法，HDX-MS具有灵敏度高、可操作性强等优势。
百蓁生物提供基于HDX-MS的一站式配体或小分子药物的靶蛋白结合区域分析服务
二、实验流程
三、服务优势
1：经验丰富
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2：配体齐全
全面覆盖小分子、蛋白、多肽核酸等
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四、案例分享
中国科学院生物与化学交叉研究中心袁钧瑛课题组在Cell Discovery杂志发表Discovery of a cooperative mode of inhibiting RIPK1 kinase的研究文章，报道了一个全新结构的RIPK1激酶抑制剂Nec-34。氢氘交换质谱技术（HDX-MS）为本研究提供了Nec34与RIPK1的结合口袋的分析，通过HDX-MS分析发现Nec-34能够特异性的靶向RIPK1的activation loop, p+1 loop 以及catalytic loop形成的疏水口袋，该作用方式不同于所有已报道的RIPK1小分子抑制剂，其结合口袋是一个新型的可以靶向RIPK1的疏水口袋。该实验结果在高级结构层面支持了Nec34抑制剂与目标蛋白RIPK1结合。
图1. Nec-34靶向RIPK1的新型疏水口袋
图2. HDX揭示Nec-34靶向RIPK1的结合区域 (标红色方框)
参考文献
[1] Meng Q , Song Y L , Zhou C ,et al.A hydrogen–deuterium exchange mass spectrometry-based protocol for protein–small molecule interaction analysis[J].生物物理学报：英文版, 2023.