NGS测序通过转录组或外显子组序列等分析进行变异鉴定，然后再使用MHC 亲和力预测算法来进行具有良好免疫原性靶标的筛选，这种方法缺点是会产生大量的候选突变多肽，导致许多假阳性结果。另外由于NGS是基于蛋白编码区，主要关注的是非同义核苷酸突变（SNVs）等典型肿瘤新生抗原，而不能充分评估其它非典型肿瘤新生抗原（如 RNA翻译异常、翻译后修饰、蛋白酶体剪接导致的新生抗原）。

相比之下，质谱法鉴定肿瘤新生抗原的优势有：

1.基于质谱的肽段鉴定方法可以更直接、准确地鉴定到新生抗原；

2.可以特异性的富集MHC I型或MHC II型的免疫肽，检测到的免疫肽特异性更高；

3.质谱数据结合de novo从头解析的技术，不依赖于已有数据库，可以发现更多的非典型新生抗原；

4.特有的免疫原性预测算法DeepSelf对非典型新生抗原的筛选有更好的效果。

5.可以分析免疫肽的翻译后修饰信息，覆盖到更多的新抗原。

我们是可以鉴定人源或鼠源的MHC I型或MHC II型的免疫肽或新生抗原。MHC I型或MHC II型在样本的前处理所用的抗体有所不同，在组织或细胞上都有成功的项目经验。

人源或鼠源的组织和细胞系MHC I/MHC II都是可以检测的，组织样本标准的需求量是50mg，细胞样本标准的需求量是1*10⁷个。对于微量样品，如肿瘤组织穿刺样本（~10mg）或极低量的细胞样本（10⁶个），也是可以进行免疫肽或新抗原检测的。

生物学重复对于研究特定人群中某一疾病共有的新生抗原有意义，需要进行多样品的实验分析。

百蓁生物在DeepImmu平台中运用了特殊的人工智能算法，是否有对照样本对于新抗原的发现和筛选不是必须的，对照样品有一定帮助。

针对人源或鼠源样本的HLA-I或HLA-II型的免疫肽都是可以执行的，满足送样要求，细胞样本可以鉴定到10000+免疫肽，组织样本可以鉴定到5000+免疫肽，有的样本可以鉴定到30000+免疫肽，和文献报道的数量相比，我们流程鉴定到的数量有大幅度提高，处于遥遥领先的水平。

“肿瘤新生抗原发现”服务的交付内容有：

1. 实验方法；

2. MHC WB质控结果；

3. 鉴定的免疫肽段及其对应的蛋白信息列表；

4. 免疫肽的MHC结合基序分型分析；

5. DeepSelf预测免疫原性排名的新生抗原列表。

符合送样要求，从开始检测到报告发送标准周期是2周完成交付，加急的话，最快1周也是可以完成的。

肽段的免疫原性依赖于3个因素：MHC、Neoantigens、TCR。免疫肽组领域预测新抗原特异性T细胞识别最常用的算法有PRIME，NetMHCpan，IEDB等，它们通过预测MHC结合，C端切割亲和力和TAP转运来生成复合评分，而不是直接预测免疫肽与T细胞的结合。

我们在DeepImmu平台中通过自有的DeepSelf算法进行免疫原性的预测，本算法基于模拟免疫中心耐受系统建立了TCR、免疫肽和MHC相互作用模型，准确率相对于其他方法有大幅度提高，如下图所示。

Fig2.不同平台免疫原性预测准确性比较

我们有细胞水平如酶联免疫吸附斑点（ELISPOT）验证平台，可以根据客户需求对候选新抗原进行免疫原性评估，可提供从新抗原鉴定到最终验证一体化的分析检测服务。如有动物模型验证需求，可与我们进一步交流。

肿瘤新生抗原成为基于T细胞的肿瘤免疫治疗的理想靶点，具有广泛的治疗前景和临床应用价值。

a.在免疫治疗中最主要的应用即开发个性化的新生抗原疫苗，包括多肽疫苗、核酸（DNA/mRNA）疫苗和树突状细胞（DC）疫苗等；

b.新抗原的过继细胞疗法，如在TCR-T疗法中，可以对外周血T细胞的TCR进行基因改造，引导其识别某些新抗原，以提高靶向肿瘤细胞的特异性；

c.肿瘤新生抗原与其他疗法如免疫检查点抑制剂（如PD-1/PD-L1）联合使用，防止免疫逃逸，提高临床治疗疗效；